Los biofertilizantes son microorganismos con la capacidad de abastecer de nutrimentos a las plantas. En la agricultura se han manejado con éxito los microorganismos que proveen nitrógeno y fósforo a los cultivos. Entre los que proveen nitrógeno se tienen los siguientes: a) Rhizobium los cuales establecen asociaciones simbióticas con las leguminosas, formando nódulos en el interior de las raíces, dentro de los cuales se lleva a cabo el rompimiento de la molécula de nitrógeno atmosférico, para finalmente ceder a la planta el nitrógeno en forma de amonio; b) Azospirillum, microorganismos que establecen asociaciones en el ámbito de la rizósfera, preferentemente con gramíneas, en donde la planta los alimenta con sus secreciones y el microorganismo lo provee de nitrógeno; c) Azotobacter y Bacillus, estos microorganismos también establecen asociaciones en el ámbito de la rizósfera, en donde la planta los alimenta con sus secreciones y el microorganismo lo provee de nitrógeno y se han empleado con éxito en hortalizas y frutales.
Se ha demostrado que, además de proveer de nutrimentos, los microorganismos que establecen asociaciones en la rizósfera, tienen la capacidad de producir reguladores del crecimiento, tales como las auxinas, las giberelinas y las citocininas, las cuales pueden ser absorbidas por las planta y modificar su metabolismo.